Kecamatan Sepaku termasuk dalam pemerintahan Kabupaten Penajam Paser Utara beserta Kecamatan Penajam, Kecamatan Waru dan Kecamatan Babulu.
Secara geografis, Kecamatan Sepaku terletak di bagian Utara dari Kabupaten Penajam Paser Utara.
Baca juga: Ridwan Kamil dan Nyoman Nuarta Jadi Juri Sayembara Ibu Kota Baru
Di sebelah Utara Kecamatan Sepaku berbatasan langsung dengan Kabupaten Kutai Kartanegara tepatnya Kecamatan Loa Kulu dan Loa Janan.
Di sebelah Timur berbatasan langsung dengan Kota Balikpapan tepatnya Kecamatan Samboja dan Kecamatan Balikpapan Barat.
Sementara di sebelah Selatan dan Barat berbatasan langsung dengan Kecamatan Penajam.
Kecamatan sepaku terdiri dari 11 desa dan 4 kelurahan yaitu, Desa Telemow, Desa Binuang, Desa Bumi Harapan, Desa Bukit Raya, Desa Karang Jinawi, Desa Sukaraja, dan Desa Tengin Baru.
Kemudian Desa Suko Mulyo, Desa Argo Mulyo, Desa Semoi Dua, Desa Wonosari, Kelurahan Maridan, Kelurahan Pemaluan, Kelurahan Sepaku dan terakhir Kelurahan Mentawir.
Luas wilayah Kecamatan Sepaku ditetapkan seluas 1.172,36 kilometer persegi atau 35,17 persen luas wilayah Kabupaten Penajam Paser Utara. Dengan wilayah terluas adalah Kelurahan Pemaluan yaitu 367,18 kilometer persegi.
.