Namun, rencana APLN itu dikhawatirkan Wahana Lingkungan Hidup Indonesia (Walhi), justru akan merusak lingkungan. Bukan tanpa alasan, menurut Walhi, mereka telah menganalisis dampak-dampak yang akan terjadi akibat proyek reklamasi tersebut.
Karena itu, Deputi Direktur Walhi Jakarta, Zaenal Muttaqin, sangat menyayangkan turunnya izin reklamasi dan Amdal atas proyek tersebut. "Kita belajar dari reklamasi Pantai Indah Kapuk pada tahun 1990-an yang berakibat pada abrasi di sekitar pantai utara (pantura) Jakarta tepatnya di pantai Eretan," ungkap Zaenal kepada Kompas.com, Selasa (28/9/2015).
1. Saat Singapura melakukan reklamasi, beberapa pulau di sekitar Batam tenggelam. Tak tertutup kemungkinan masalah ini akan terulang bila reklamasi di Teluk Jakarta tetap dilaksanakan.
2. Tata air pada jarak 8 kilometer sampai 10 kilometer dari muara sungai di Jakarta akan rusak, akibat terpengaruh air laut yang naik ke daratan.
3. Untuk memenuhi kebutuhan air masyarakat di pulau reklamasi, tentu pengembang harus mendapatkan pasokan air bersih. Bila mengandalkan pengolahan air laut, tentu proses tersebut membutuhkan daya listrik sangat besar.
4. PLN induk Muara Karang membutuhkan air laut di Teluk Jakarta untuk mendinginkan turbin. Dengan adanya pulau buatan, pasokan air laut ke turbin akan berkurang sehingga kinerja turbin terganggu.
5. Meski saat ini pihak PT Muara Wisesa Samudra telah menyediakan jalur khusus untuk kapal nelayan agar tetap dapat melaut, namun ketika kelak tanggul dibangun sepanjang Teluk Jakarta maka jalur tersebut tidak efektif.
Namun Zaenal mengungkapkan bahwa saat itu Walhi mendapatkan laporan adanya pengerukan ilegal di sekitar pulau Pari, yang menyebabkan tenggelamnya empat pulau tersebut.
"Seperti yang sudah pernah kami sampaikan sebelumnya dalam pertemuan dengan media, yang terpenting kami sudah memiliki izin reklamasi dan Amdal," tutur Pramono, Rabu (30/9/2015).
Sebelumnya dalam pertemuan dengan media pada 17 September 2015, Corporate Secretary APLN Justini Omas menyebutkan sejak izin reklamasi tersebut mereka dapatkan, APLN hanya tinggal mengurus izin kapal-kapal pengangkut untuk segera memulai reklamasi.