Kondisi ini diperparah dengan pengendapan sedimentasi yang masif. Pengendapan terjadi karena danau ini menjadi muara dari 23 sungai dengan 7 sungai utama.
Antara lain Sungai Rintenga, Sungai Alopohu, Sungai Marisa, Sungai Meluopo, Sungai Biyonga, Sungai Bulota, dan Sungai Talubaongo.
Selain itu, kualitas air di danau ini rendah akibat limbah peternakan, pertanian, limbah budidaya ikan keramba, dan limbah domestik yang menyebabkan sedimentasi dan membuat danau semakin dangkal.
"Satu permasalahan yang saya lihat adalah bagaimana terkait dengn teman-teman di balai wilayah sungai (BWS) untuk mengembalikan fungsi semula Danau Limboto. Itu yang susah karena sedimentasinya terlalu tinggi," ucap Wakil Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Jhon Wempi Wetipo saat meninjau Danau Limboto di Kabupaten Gorontalo, Jumat (28/2/2020).
Berdasarkan pencemaran tersebut, terjadi penurunan kualitas air yang menyebabkan meluasnya pertumbuhan gulma air atau makrophyta dan phytoplankton.
Pencemaran juga disebabkan oleh pertumbuhan eceng gondok dengan sebaran hingga 30 persen dari luas danau.
Permasalahan lain yang terjadi di danau ini adalah alih fungsi lahan. Wempi menuturkan, alih fungsi lahan dari pertanian ramah lingkungan menjadi area penanaman jagung semakin memperburuk keadaan.
"Apalagi di sana dengan menggerakkan pertanian yang begitu masif dengan penanaman jagung di lahan kemiringan kurang lebih sekitar 15 persen. Kita lihat gunung-gunung itu kan dia gundul semua. Nah ini yang serapan air tanahanya itu semakin tipis dan bahkan menjadi tidak ada," beber Wempi.
Hasilnya, sungai-sungai yang bermuara ke Danau Lemboto tidak memiliki filter untuk menahan sedimen.
https://properti.kompas.com/read/2020/02/29/075404021/danau-limboto-kritis-ini-penyebabnya